Voici une petite astuce pour forcer click-once à vider le cache local où est stockée l'application. Au prochain lancement, click-once déploiera à nouveau l'application.

Executez cette commande depuis une ligne de commande:
rundll32 dfshim CleanOnlineAppCache

Plus facile et plus rapide que de signer l'application à déploier avec un nouveau certificat.